Diegti mokslo pasiekimus versle trukdo nepakankamas mokslininkų ir verslininkų bendradarbiavimas, jų pastangų koordinavimo stoka, įvairios biurokratinės priežastys. Tai pažymi valstybiniai auditoriai, vertinę, kaip skatinama mokslo ir verslo sąveika.
Pasak valstybės kontrolieriaus pavaduotojos Nijolės Mickuvienės, Integruotų mokslo, studijų ir verslo centrų (slėnių) programos, nesant patvirtinto slėnių valdymo modelio, gali būti vykdomos neefektyviai. Didžioji dalis slėnių programų lėšų skiriamos infrastruktūros atnaujinimui, nesutelkiant aukšto lygio mokslinio ir vadybinio potencialo, neužtikrinant verslo dalyvavimo. Neaiški galimybė naudotis mokslinio tyrimo laboratorijomis - atviros prieigos centrais, telkiančiais modernią įrangą, kur mokslininkai, studentai ar privataus sektoriaus vartotojai galėtų atlikti tyrimus. Iki šiol nesukurtas tokių centrų registras. Nėra bendro sutarimo tarp Ūkio bei Švietimo ir mokslo ministerijų dėl atviros prieigos centrų tolimesnės veiklos ir priežiūros.
Nustatyta, kad kai kurių 2008-2011 m. vykdytų mokslo ir verslo sąveiką skatinančių priemonių įgyvendinimas vėluoja, nepakankamai užtikrinama panaudotų lėšų kontrolė, verslo subjektai vangiai naudojasi mokslinių tyrimų ir eksperimentinės (socialinės, kultūrinės) plėtros (MTEP) veiklai taikomomis mokestinėmis lengvatomis. Be to, nėra tikslių statistinių duomenų apie mūsų šalyje vykdomą MTEP veiklą, todėl yra rizika, kad ES atsakingoms institucijoms (EUROSTAT) teikiami duomenys bus netikslūs, o valstybės priimami sprendimai bus grindžiami netikslia informacija.
Auditoriai vertino ir 2010 m. mūsų šalyje pradėtą bandyti inovacinių čekių priemonę, skirtą smulkioms ir vidutinėms įmonėms, kurios už 10 tūkst. ir 20 tūkst. vertės inovacinį čekį gali įsigyti įvairių tyrimų, techninių galimybių studijas. Pastebėta, kad nors priemonę paprasta administruoti, tačiau nepakankamai užtikrinama tikslų pasiekimo ir įvertinimo bei lėšų panaudojimo kontrolė, todėl ši Ūkio ministerijos prižiūrima priemonė gali nepasiekti rezultato.
Mokslo ir verslo bendradarbiavimui skatinti 2008-2015 m. numatyta skirti apie 2,9 mlrd. Lt Europos Sąjungos ir valstybės biudžeto lėšų. Už šiam tikslui skirtų pagrindinių priemonių ir programų įgyvendinimą atsakingos Švietimo ir mokslo bei Ūkio ministerijos.
Sudaryti sąlygas plėtoti verslumą ir inovacijas bei kurti kūrybingą visuomenę buvo numatyta 2010 m. patvirtintoje Inovacijų strategijoje, kurios įgyvendinimas patikėtas 12 ministerijų. Auditoriai šiame dokumente pasigedo pakankamų bei tinkamų Lietuvos pažangos vertinimui rodiklių, o strategiją įgyvendinant - institucijų bendradarbiavimo.
