Tvarkydama istorinę miestelio dalį, Kauno rajono savivaldybė užsakė archeologinius tyrimus, kuriuos atliko viešoji įstaiga „Kultūros paveldo išsaugojimo pajėgos“. Archeologas Justinas Račas pasakojo, kad kasinėjant rasta daugiau kaip 200 senųjų vilkijiečių palaikų.
Dalis jų – XVI-XVIII a. šventoriuje palaidoti senieji Vilkijos gyventojai, kita dalis – III a. palaidojimai.
Perlaidojami buvo ne visi palaikai
Į Vilkiją sugrįžo ne visi tyrimų metu rasti palaikai. Ankstyvojo laikotarpio kapų kaulai moksliniams tyrimams pasiliko Vilniaus universiteto Antropologijos tyrimų laboratorijoje, rašoma Kauno rajono savivaldybės internetinėje svetainėje.
Vilkijoje gyveno įvairių tautybių, luomų ir socialinės padėties žmonės. Vilkija pirmą kartą istoriniuose šaltiniuose paminėta 1364 m., kai Livonijos kronikininkas Hermanas Vartbergė, aprašydamas kalavijuočių ir kryžiuočių žygį į Paštuvos žemę (ji buvo pavadinta Vilkenbethe, t. y. „vilkų gūžta“), paminėjo Vilkijos pilį.
Daug kartų puldinėjama kryžiuočių, Vilkijos gyvenvietė sunyko, tačiau po Žalgirio mūšio atsikūrė, tik jau kitoje vietoje, prie dvaro. 1450 m. čia buvo įkurta pirmoji Lietuvos muitinė prie Nemuno.
Vilkijoje gyveno ir dirbo audėjai, žvejai, batsiuviai, puodžiai, veikė malūnas, turgus. 1840 m. atnaujinus pašto traktą tarp Kauno ir Jurbarko, Vilkijoje įrengta pašto stotis, 1871 m. paminėta vaistinė, 1876 m. – mūrinė sinagoga.
Ant kalno 1903 m. pradėta statyti nauja bažnyčia, kuri tapo miesto dominante. Šalia jos susidarė nauja turgaus aikštė, senoji aikštė apatinėje terasoje pamažu apstatyta. Tokiu būdu Vilkijos centras buvo padalintas į dvi dalis – apatinę su senosiomis krautuvėmis ir svarbiu sausumos keliu bei Nemunu, ir viršutinę – su nauja turgaus aikšte.
XIX a. viduryje Vilkijos apylinkėse vyko pasipriešinimas carinei okupacijai, o po Antrojo pasaulinio karo – partizaninis judėjimas. Kelis šimtmečius šalia lietuvių gyveno skaitlinga litvakų bendruomenė, nemažai romų tautybės žmonių. Antrojo pasaulinio karo metais Vilkijos krašto žydų bendruomenė buvo praktiškai sunaikinta.
