Šiais metais primą kartą nuo 2017-2018 m. sezono Citadele KMT turnyre varžysis tik „Betsafe-LKL“ komandos. 4–10 vietas 2020–2021 m. „Betsafe-LKL“ sezone užėmusios komandos bei šiame sezone čempionato dalyvio licenciją gavusi Jonavos „CBet“ bus suskirstytos į du krepšelius ir kovos dėl patekimo į ketvirtfinalius.
Prieš burtų traukimą komandos buvo suskirstytos į du krepšelius. 1-ame krepšelyje buvo keturios „Betsafe-LKL“ komandos, 2020-2021 m. sezone užėmusios 4-7 vietas, 2-ame krepšelyje 2020-2021 m. sezone užėmusios 8-10 vietas. Taip pat į šį krepšelį patenka ir čempionato debiutantė Jonavos „CBet“ ekipa.
A grupė:
Jonavos „CBet“
Prienų „Labas GAS“
Kėdainių „Nevėžis-Optibet“
Klaipėdos „Neptūnas“
B grupė:
Pasvalio „Pieno žvaigždės“
„Šiauliai-7bet
Alytaus „Dzūkiją“
Utenos „Uniclub Casino – Juventus“
Šiose grupėse komandos žais dviejų ratų sistema (vienerias rungtynes namuose ir vienerias išvykoje). Kiekvienoje grupėje 1-2 vietas užėmusios komandos patenka į III etapą.
3-ąsias vietas grupėse užėmusios komandos tarpusavyje žaidžia dvejas rungtynes (vienerias rungtynes namuose, kitas išvykoje ir į III etapą patenka ta komanda, kurios bendras abiejų rungtynių įmestų-praleistų taškų skirtumas yra geresnis.
Pirmojo Citadele KMT etapo dvikovų pradžia numatoma 2021 m. rugsėjo 28-30 d.
