Virusologas socialiniame tinkle pabrėžė, jog kuo spartesnis viruso plitimas fiksuojamas, tuo didesnė rizika, kad įvyks ir jo mutacijos.
„Neabejotinai, kad Lietuva yra tarp tų šalių, kur gali atsirasti naujos koronaviruso mutacijos, nes Lietuvoje stebimas spartus viruso plitimas ir jau didelis jo paplitimas. Būtent šie veiksniai yra patys svarbiausi viruso mutacijoms atsirasti – kuo sparčiau virusas plinta, tuo didesnė mutacijų tikimybė. Būtent apie tai – virusų mutacijų ir jų stebėjimo svarbą – kalbama vakar paskelbtame PSO pranešime.
Jame pažymima, kad atsirandant ir sparčiai plintant naujoms viruso atmainoms, šalys raginamos įvertinti, kokios viruso atmainos cirkuliuoja šalyje. Deja, Lietuvoje tokių reprezentatyvių duomenų neturime. Tai padaryti galima nedelsiant organizuojant reprezentatyvų genomo sekoskaitos tyrimą visuomenės sveikatos tikslais. Priminsiu, kad LSMU atliktas genomo sekoskaitos tyrimas nebuvo reprezentatyvus, o referentinė Lietuvos laboratorija su virusologijos padaliniu dar neparodė lyderystės šioje srityje“, – rašė jis.
Kuo svarbūs genomo sekos tyrimai?
Kalbėdamas apie modernius naujojo koronaviruso SARS-CoV-2 genomo sekoskaitos tyrimus S. Čaplinskas pažymėjo, kad jie yra labai svarbūs – tai pagerina mūsų supratimą apie naujų virusų kilmę, jų perdavimą.
„Šie tyrimai reikalauja resursų, specialiųjų kompetencijų juos atlikti. Iki šiol Lietuvoje tokie tyrimai buvo atliekami tik mokslo tikslais. Visgi viešoje erdvėje pasirodžius svarstymams „apie plataus masto COVID-19 genomo sekos tyrimus“, reiktų sunerimti, kokių tikslų atliekant šiuos tyrimus bus siekiama. Šiame etape, mano manymu, Lietuvai reiktų atliepti visuomenės sveikatos tikslus, kurie įvardijami naujausiose PSO rekomendacijose.
Genomo sekoskaitos tyrimai pirmiausia buvo svarbūs nustatyti viruso kilmę, genomą ir padėti pagrindus atsakomųjų priemonių kūrimui. Todėl 2020 m. sausio pradžioje buvo svarbu mokslininkams dalytis visa genetine naujo viruso seka, kad būtų galima apibūdinti SARS-CoV-2 virusą ir padėti pagrindus greitai plėtoti diagnostiką, vaistų ir vakcinų kūrimą. Genominė seka pagerina mūsų supratimą apie naujų virusų kilmę ir perdavimą. Ištyrus pradinius SARS-CoV-2 genomus, gautus iš Wuhano miesto ir aplinkinių vietovių Kinijoje, buvo galima nustatyti vėliausią datą, kada virusas pateko į žmonių populiaciją (2019 m. lapkričio – gruodžio mėn.). Genomo sekoskaitos tyrimai leido mokslininkams indentifikuoti, kad šio viruso pradinis šaltinis gyvūnai“, – dėstė profesorius.
Jis pastebėjo, kad viruso geografinio išplitimo ir jo cirkuliacijos tarp skirtingų populiacijų stebėsena taip pat paremta genomo sekoskaitos tyrimais.
„Būtent filogeografinė analizė, kurioje naudojamos viruso genomo sekos, ir informacija apie mėginių ėmimo vietą naudojama SARS-CoV-2 cirkuliacijai visame pasaulyje stebėti. Taip pat galima nustatyti protrūkio išplitimą erdvėje ir laike bei nustatyti, kurie veiksniai paskatino viruso plitimą. Perdavimo veiksnių nustatymas gali padėti sukurti naujas viruso plitimo prevencijos strategijas. Tokie tyrimai buvo naudojami, pavyzdžiui, Ebolos viruso ligos protrūkiuose Vakarų Afrikoje. Be to, genomo sekoskaitos tyrimai yra esminiai vertinant virusų mutacijas bei jų geografinį išplitimą ir mutacijų poveikį visuomenei.
Taip pat šie tyrimai labai svarbūs protrūkių (pvz., ligoninėse, slaugos namuose ir kt.) analizei, atsekant bendrą užsikrėtusiųjų infekcijos šaltinį, plitimo grandines, t.y. siekiant suprasti protrūkio plitimo dinamiką, ypač ankstyvose stadijose ar retrospektyviai. Genomo sekoskaitos tyrimai gali įvertinti, kiek asmenų yra užsikrėtę nuo vieno asmens tam tikroje populiacijoje (nustatyti viruso reprodukcijos rodiklį [R0]) bei kokie yra nustatyto protrūkio pokyčiai laikui bėgant. Ši informacija galėtų būti naudojama vertinant konkrečių kontrolės priemonių poveikį. Taigi, koronaviruso genomo sekoskaitos tyrimų rezultatai yra vieni svarbiausių darant protrūkio kontrolės sprendimus visuomenės sveikatos srityje“, – dėstė virusologas.
Padeda tiriant pakartotinius užsikrėtimus
Kartu S. Čaplinskas pažymėjo, kad naujuoju koronavirusu užsikrėsti galima pakartotinai (reinfekcija). O šiame kontekste galima palyginti SARS-CoV-2 genomines sekas iš pirmojo ir vėlesnių epizodų, siekiant nustatyti, ar pakartotinas SARS-CoV-2 aptikimas žmogaus organizme yra būtent pakartotinė infekcija, ar ilgalaikio viruso išsiskyrimo rezultatas.
„Norint suprasti, ar reinfekcija yra susijusi su antigeniškai atskira paderme, ar nuo pirminės infekcijos nėra susidaręs apsauginis imunitetas, reikia kartu atlikti serologinius tyrimus. Todėl genomo sekoskaitos tyrimai gali padėti geriau suprasti reinfekcijos dažnį ir galimus rizikos veiksnius.
Kita visuomenės sveikatos sritis – yra aplinkos stebėsena, siekiant nustatyti tylią virusų cirkuliaciją bendruomenėje. Šiuo tikslu yra periodiškai tiriamos aplinkos nuotekos ir dumblas. Taigi aplinkos stebėjimas yra perspektyvus būdas, ypač esant žemam infekcijos paplitimui, siekiant nustatyti infekcijos nešiotojus ir tarnauti kaip „išankstinio perspėjimo“ sistema, kai pasikeičia SARS-CoV-2 paplitimas.
Genomo sekoskaitos tyrimai taip pat naudojami įvertinti, koronaviruso mutacijų poveikį antivirusinių vaistų bei vakcinų veiksmingumui bei šie tyrimai padeda įvertinti molekulinių ir serologinių diagnostikos metodų efektyvumą, viruso užkrečiamumą.
Ši nedidelė genomo sekoskaitos tyrimų tikslų apžvalga, skirta visuomenei suprasti, į kokius klausimus jau gali atsakyti modernių tyrimų taikymas. Šiuo metu Lietuvoje svarbu kalbėti ne apie „plataus masto“ tokios rūšies tyrimus, o turėti bent nedidelės apimties reprezentatyvius rutininius, kartotinius genomo sekoskaitos tyrimus, kurie leistų periodiškai vertinti epidemiologinę situaciją apie naujų galimų koronaviruso mutacijų plitimą (ar ne) visuomenėje. Jei jau Lietuvoje plinta tos viruso atmainos, kurios pasižymi spartesniu plitimu, tuomet pandemijos valdymo priemones nedelsiant reiktų papildyti naujais sprendimais. Dabar atsakymų į šiuos klausimus neturime“, – rašė S. Čaplinskas.
